2024年3月16日，胡政（中国科学院深圳先进技术研究院）和院友周达（厦门大学）团队工作成果入选2023年度“中国生物信息学十大进展”。

细胞命运决定是生命的奥秘之一，揭示其规律和机制对于理解发育和疾病具有重要意义。然而，如何利用静态单细胞组学数据预测动态命运决定过程是生物信息学领域的一项重大挑战。中国科学院深圳先进技术研究院胡政和厦门大学周达团队合作提出了一项基于单调表达基因的轨迹推断新算法框架，命名为PhyloVelo。该方法通过整合谱系示踪和单细胞转录组数据，利用单调表达基因构建一个新颖的细胞分化时钟模型，能准确预测细胞过往状态和分化轨迹。相比传统方法，PhyloVelo在推断准确性和稳定性方面都有明显提升，为发育和疾病研究提供了有力的计算分析工具。该成果发表于Nature Biotechnology。

推荐理由：基于谱系示踪信息精确计算RNA速率的新方法

“中国生物信息学十大进展”评选介绍：

为推动我国生物信息学的学科发展和创新研究，充分展示和宣传我国生物信息学领域的重大研究成果，《基因组蛋白质组与生物信息学报（英文）》（Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 简称GPB）组织评选了2018年度、2019年度、2020年度、2021年度和2022年度“中国生物信息学十大进展”。在此基础上，GPB继续组织2023年度评选活动，经过100余名国内外生物信息学领域教授/研究员推荐，初选、复选投票以及复核程序，公布2023年度“中国生物信息学十大进展”评选结果。

周达院友简介：

周达，厦门大学数学科学学院副教授，博士生导师。2006年于华中科技大学数学系取得统计学专业学士学位，2011年于北京大学数学科学学院取得概率统计专业博士学位，师从陈大岳教授；2011-2013年在清华信息国家实验室从事博士后研究工作；目前任厦门大学数学科学学院概率与数理统计系主任、厦门大学健康医疗大数据国家研究院副院长。周达院友长期从事概率统计与生物学、化学等领域的交叉研究，近年来在Nature子刊、Cell子刊等著名期刊发表研究成果；先后主持国家自然科学基金2项，国家电网横向课题2项；荣获2021年厦门大学田昭武交叉学科奖。受邀作为Nature Communications, Physical Review Letters，Pattern，PLOS Computational Biology等权威刊物审稿人。

原文信息：

Wang K, Hou L, Wang X, Zhai X, Lu Z, Zi Z, et al. PhyloVelo enhances transcriptomic velocity field mapping using monotonically expressed genes. Nature Biotechnology 2023. https://doi.org/10.1038/s41587-023-01887-5. PMID: 37524958.

原文链接：

https://www.nature.com/articles/s41587-023-01887-5

消息来源：

2023年度“中国生物信息学十大进展”公布 (qq.com)